实行中心主任领导下的课题组组长负责制：中心主任全面负责中心的总体运行，在学术委员会的指导下，制定学科发展计划，明确各课题组的工作目标和工作进度；严格课题组组长的责任，对各课题组在人才培养、科研投入、科研产出等方面实现目标责任制和优胜劣汰机制；建立科研激励机制，对在科研和人才培养方面取得杰出贡献的人员给予重奖。近年来，基地不断完善了行政管理、资产管理、平台管理、科研管理等20余项内部管理制度，规范出差、考勤等流程，保障基地高水平、高效能运行。建立健全决策咨询建议撰写和审批制度体系，制定完善《咨询项目管理办法》《智库平台发展5年规划》《进一步加强智库成果转化与运用）》《打造区域高端智库实施方案》等制度文件，逐步建立起科学有效的项目决策机制、信息报送反馈机制和咨询项目考核体系，整合各方资源为基地发展提供有效支撑。